In Ben 10: Protector of Earth übernehmen die Spieler die Rolle der Cartoon Network-Figur Ben Tennyson, der sich von einem ganz normalen Kind in einen Superhelden verwandelt hat. Mit der Kraft des Omnitrix, eines außerirdischen Geräts an Bens Handgelenk, können die Spieler als einer der fünf beliebten Alien-Helden aus der Show kämpfen. Indem sie diese unglaublichen Kräfte annehmen, begeben sich die Spieler auf eine Mission zur Rettung der Welt mit vielfältigen Herausforderungen, Rätseln und Kämpfen.